wsyang.com » 까먹지 말자 http://wsyang.com/wp Mac, Statistics, Photograph, and Common Life in Japan Fri, 25 Dec 2009 05:50:19 +0000 http://wordpress.org/?v=2.9 en hourly 1 [SAS] 숫자가 포함된 문자열의 정렬 http://wsyang.com/wp/2008/08/08/sas-%ec%88%ab%ec%9e%90%ea%b0%80-%ed%8f%ac%ed%95%a8%eb%90%9c-%eb%ac%b8%ec%9e%90%ec%97%b4%ec%9d%98-%ec%a0%95%eb%a0%ac/ http://wsyang.com/wp/2008/08/08/sas-%ec%88%ab%ec%9e%90%ea%b0%80-%ed%8f%ac%ed%95%a8%eb%90%9c-%eb%ac%b8%ec%9e%90%ec%97%b4%ec%9d%98-%ec%a0%95%eb%a0%ac/#comments Fri, 08 Aug 2008 05:57:51 +0000 민석아빠 http://www.wsyang.com/blog/?p=547 Q. 다음과 같은 데이터셋이 존재한다고 했을 때, 문자열변수 안의 숫자의 크기순으로 정렬하고 싶지만, 이대로 PROC SORT를 이용하면 A-1, A-10, A-12, A-2의 순으로 정렬됩니다. 문자열 안의 숫자의 크기 순으로 정렬하는 방법은 없나요?

Picture 1.png

A. 정렬을 하기 전에 id 변수의 숫자의 앞에 0을 추가할 필요가 있습니다. 0을 추가하려면 다음과 같은 과정이 필요합니다.

  1. scan 함수를 이용하여 변수를 “-” 문자를 기준으로 분리
  2. Zw.d 포맷을 이용하여 수치 문자열의 앞에 0을 추가
  3. CATX함수를 이용하여 전후의 공백을 없애고 분할할 문자열을 연결

예)

DATA test;
INPUT id $ age $ @@;
DATALINES;
A-1 10 A-2 15 A-3 9 A-5 5 A-8 6 A-9 3 A-10 12 A-12 7
B-3 9 B-5 3 B-8 4 B-9 6 B-11 7 B-15 10
;

DATA test2;
FORMAT id3 age;
SET test;

ID1 = SCAN(id,1,'-');
ID2 = PUT(INPUT(SCAN(id, 2, '-'),best.),Z2.);
ID3 = CATX('-', id1, id2);
RUN;

PROC SORT DATA=test2(KEEP = id3 age);
BY id3;
RUN;
]]> http://wsyang.com/wp/2008/08/08/sas-%ec%88%ab%ec%9e%90%ea%b0%80-%ed%8f%ac%ed%95%a8%eb%90%9c-%eb%ac%b8%ec%9e%90%ec%97%b4%ec%9d%98-%ec%a0%95%eb%a0%ac/feed/ 0 새로운 SNP case-control 연관분석 방법 OMTT http://wsyang.com/wp/2008/08/08/%ec%83%88%eb%a1%9c%ec%9a%b4-snp-case-control-%ec%97%b0%ea%b4%80%eb%b6%84%ec%84%9d-%eb%b0%a9%eb%b2%95-omtt/ http://wsyang.com/wp/2008/08/08/%ec%83%88%eb%a1%9c%ec%9a%b4-snp-case-control-%ec%97%b0%ea%b4%80%eb%b6%84%ec%84%9d-%eb%b0%a9%eb%b2%95-omtt/#comments Fri, 08 Aug 2008 01:34:10 +0000 민석아빠 http://www.wsyang.com/blog/?p=551
  • Optimal dose-effect mode trend test for SNP genotype tables. An Genetic Epidemiology Published Online: 7 Aug 2008
    • 요점 정리
      • SNP를 이용한 Case-Control 연관분석을 하고자 할 때, 가법 형식(additive mode)에 대해 trend 검정을, 우성 형식(dominant mode)에 대해 우성 검정을, 열성 형식(recessive mode)에 대해 열성 검정을 할 때가 있다. 또한, 어떤 유전 형식을 따르는지 알 수 없지만, 그 중 하나와 일치한다면 연관이 있다고 생각하여, 세 가지 검정 중 가장 유의한 검정결과를 채택하는 방법을 사용할 때도 있다.
      • Risk allele의 동형접합체(homozygote)와 non risk allele의 동형접합체의 리스크 가중치를 각각 1, 0으로 설정할 때, 우성, 열성, 가법 형식은 이형접합체(heterozygote)의 리스크 가중치를 1, 0, 0.5로 설정한 경우이므로, 우성과 열성의 사이는 이형접합체의 가중치를 0 이상 1 이하로 생각할 수 있다. Optimal dose trend test(OMTT)는 이러한 우성, 열성 간의 형식을 연속적인 대상으로 간주하여 검정하는 방법이다.
      • 실제 계산은 2X3 분할표로부터 자유도 2의 카이제곱 통계치와 우성 형식, 열성 형식으로 부터의 2X2 분할표를 만들어 자유도 1인 카이제곱 통계치를 계산하여 그 중 하나를 검정통계량으로 사용한다.
      • 자세한 해설과 Java로 만든 애플리케이션의 다운로드는 이곳에서
    ]]>     http://wsyang.com/wp/2008/08/08/%ec%83%88%eb%a1%9c%ec%9a%b4-snp-case-control-%ec%97%b0%ea%b4%80%eb%b6%84%ec%84%9d-%eb%b0%a9%eb%b2%95-omtt/feed/ 0     [SAS] 복수의 문자변수의 값을 연결해 하나의 변수로 만드는 방법 http://wsyang.com/wp/2008/08/07/sas-%eb%b3%b5%ec%88%98%ec%9d%98-%eb%ac%b8%ec%9e%90%eb%b3%80%ec%88%98%ec%9d%98-%ea%b0%92%ec%9d%84-%ec%97%b0%ea%b2%b0%ed%95%b4-%ed%95%98%eb%82%98%ec%9d%98-%eb%b3%80%ec%88%98%eb%a1%9c-%eb%a7%8c/ http://wsyang.com/wp/2008/08/07/sas-%eb%b3%b5%ec%88%98%ec%9d%98-%eb%ac%b8%ec%9e%90%eb%b3%80%ec%88%98%ec%9d%98-%ea%b0%92%ec%9d%84-%ec%97%b0%ea%b2%b0%ed%95%b4-%ed%95%98%eb%82%98%ec%9d%98-%eb%b3%80%ec%88%98%eb%a1%9c-%eb%a7%8c/#comments Thu, 07 Aug 2008 08:40:36 +0000 민석아빠 http://www.wsyang.com/blog/?p=530 Q. 복수의 문자변수 값을 컴마(,)로 연결해 하나의 변수로 만드는 방법은?

    A. SAS 9 부터 추가된 CATX 함수를 이용하면 구분문자를 지정하여 문자열로 만들 수 있습니다.

    DATA _NULL_;
       dlm=",";
       char1="Hong";
       char2="GilDong";
       char3="15";
       char4="A";
       results=CATX(dlm, OF char1-char4);

       PUT results;
    RUN;

    출력결과 : Hong,GilDong,15,A

    ]]>     http://wsyang.com/wp/2008/08/07/sas-%eb%b3%b5%ec%88%98%ec%9d%98-%eb%ac%b8%ec%9e%90%eb%b3%80%ec%88%98%ec%9d%98-%ea%b0%92%ec%9d%84-%ec%97%b0%ea%b2%b0%ed%95%b4-%ed%95%98%eb%82%98%ec%9d%98-%eb%b3%80%ec%88%98%eb%a1%9c-%eb%a7%8c/feed/ 0     [R] Boxplot에 관측치의 수를 표시하는 방법 http://wsyang.com/wp/2008/08/06/r-boxplot%ec%97%90-%ea%b4%80%ec%b8%a1%ec%b9%98%ec%9d%98-%ec%88%98%eb%a5%bc-%ed%91%9c%ec%8b%9c%ed%95%98%eb%8a%94-%eb%b0%a9%eb%b2%95/ http://wsyang.com/wp/2008/08/06/r-boxplot%ec%97%90-%ea%b4%80%ec%b8%a1%ec%b9%98%ec%9d%98-%ec%88%98%eb%a5%bc-%ed%91%9c%ec%8b%9c%ed%95%98%eb%8a%94-%eb%b0%a9%eb%b2%95/#comments Wed, 06 Aug 2008 07:52:57 +0000 민석아빠 http://www.wsyang.com/blog/?p=519 Boxplot에서 관측치의 수를 나타내고 싶은 경우, 여러 가지 방법이 있겠지만, 함수 text() 혹은 mtext()를 사용하는 것이 가장 간단하지 않을까 싶습니다. 함수 text()가 그래프 안에 관측치의 수를 표시하는 반면 mtext()는 그래프의 축(axis)에 표시하는 차이가 있습니다.

    > y < - rnorm(50)
    > x < - factor(sample(letters[1:5],50,replace=T))
    > boxplot(y~x, col="lightgray")
    > text(1:5,rep(min(y),5),paste("n=",tapply(y,x,length)) )

    Rplot.jpg

    위 예의 경우 boxplot과 관측치의 수가 겹쳐버리게 되어 보기가 좀 불편해집니다. 이런 경우 mtext() 함수를 이용하면

    > X < - boxplot(y ~ x, col = "lightgray")
    > mtext(side=1, line = 2, at = 1:5, paste("n=", X$n, sep=""))

    Rplot2.jpg

    X축의 범주(a,..,e) 밑에 관측치의 수를 나타냄으로써 좀 더 깔끔하게 만들 수 있습니다.

    ]]>     http://wsyang.com/wp/2008/08/06/r-boxplot%ec%97%90-%ea%b4%80%ec%b8%a1%ec%b9%98%ec%9d%98-%ec%88%98%eb%a5%bc-%ed%91%9c%ec%8b%9c%ed%95%98%eb%8a%94-%eb%b0%a9%eb%b2%95/feed/ 0     [R] 하나의 윈도에 2개의 그래프를 그리는 방법 http://wsyang.com/wp/2008/07/29/r-%ed%95%98%eb%82%98%ec%9d%98-%ec%9c%88%eb%8f%84%ec%97%90-2%ea%b0%9c%ec%9d%98-%ea%b7%b8%eb%9e%98%ed%94%84%eb%a5%bc-%ea%b7%b8%eb%a6%ac%eb%8a%94-%eb%b0%a9%eb%b2%95/ http://wsyang.com/wp/2008/07/29/r-%ed%95%98%eb%82%98%ec%9d%98-%ec%9c%88%eb%8f%84%ec%97%90-2%ea%b0%9c%ec%9d%98-%ea%b7%b8%eb%9e%98%ed%94%84%eb%a5%bc-%ea%b7%b8%eb%a6%ac%eb%8a%94-%eb%b0%a9%eb%b2%95/#comments Mon, 28 Jul 2008 15:31:03 +0000 민석아빠 http://www.wsyang.com/blog/archives/453 R에서 하나의 윈도에 2개 이상의 그래프를 겹쳐 그리려면 일반적으로 함수 curve()나 points()를 이용합니다. 하지만, 패키지에 따라서는 이 함수들을 제대로 사용할 수 없는 경우가 있습니다. 제가 경험한 바로는 ROC (receive operating characteristic) curve를 간단하게 그릴 수 있게 해주는 ROCR package에서는 points() 함수를 쓸 수가 없었습니다. 이 같은 경우 2개의 그래프를 겹쳐 그릴 수 있게 하기 위해서는 함수 par(new=TRUE)를 이용하면 됩니다.

    > x1 < - rnorm(25, mean=0, sd=1)
    > y1 < - dnorm(x1, mean=0, sd=1)

    > y2 < - rnorm(25, mean=0, sd=1)
    > y2 < - dnorm(x2, mean=0, sd=1)

    > plot(x1, y1, type='p', xlim=range(x1,x2), ylim=range(y1,y2))
    > points(x2, y2, type='p', col="red",xlim=range(x1,x2), ylim=range(y1,y2))

    Rplot.jpg

    > plot(x1, y1, type='p', xlim=range(x1,x2), ylim=range(y1,y2))
    > par(new=TRUE)
    > plot(x2, y2, type='p', col="red", axes=F, xlim=range(x1,x2), ylim=range(y1,y2))

    2개 이상의 그래프를 겹쳐 그릴 때는 항상 x, y축의 범위에 주의해야 합니다.

    ]]>     http://wsyang.com/wp/2008/07/29/r-%ed%95%98%eb%82%98%ec%9d%98-%ec%9c%88%eb%8f%84%ec%97%90-2%ea%b0%9c%ec%9d%98-%ea%b7%b8%eb%9e%98%ed%94%84%eb%a5%bc-%ea%b7%b8%eb%a6%ac%eb%8a%94-%eb%b0%a9%eb%b2%95/feed/ 0     R의 프락시 설정 http://wsyang.com/wp/2008/07/24/r%ec%9d%98-%ed%94%84%eb%9d%bd%ec%8b%9c-%ec%84%a4%ec%a0%95/ http://wsyang.com/wp/2008/07/24/r%ec%9d%98-%ed%94%84%eb%9d%bd%ec%8b%9c-%ec%84%a4%ec%a0%95/#comments Thu, 24 Jul 2008 14:08:50 +0000 민석아빠 http://www.wsyang.com/blog/archives/396 패키지를 네트웍에서 내려받아 바로 인스톨 할 때 일반 가정에서는 문제가 없지만, 규모가 큰 기업에서는 프락시 서버를 이용하는 경우가 있기 때문에 문제가 발생합니다. R에서는 OS에 따라서 프락시 설정에 차이가 있습니다.

    MS Windows 통합환경

    proxy.JPG

    R을 실행할 때 –internet2 옵션을 이용하면 IE에서 설정한 프락시 설정을 그대로 이용할 수 있습니다.

    Mac OS X

    Mac OS X에서도 바이너리 형태의 통합 환경을 제공하지만 앞서 설명한 방법은 사용할 수 없습니다. 직접 R의 콘솔에서 다음과 같이 입력합니다.

    [code] > Sys.putenv("http_proxy"="http://proxy_server/") [/code]

    위 명령어를 콘솔에서 직접 입력하는 것보다 .Rprofile에 추가해 놓으면 매번 명령어를 입력해야 하는 불편함을 줄일 수 있습니다.

    Unix

    터미널에서 사용하는 쉘의 종류에 맞게 입력합니다.

    • tcsh의 경우 : [code] setenv http_proxy http://proxy_server/ [/code]
    • bash의 경우 : [code] export http_proxy http://proxy_server/ [/code]
    ]]>     http://wsyang.com/wp/2008/07/24/r%ec%9d%98-%ed%94%84%eb%9d%bd%ec%8b%9c-%ec%84%a4%ec%a0%95/feed/ 0     R의 설정파일과 실행할 때 사용가능한 옵션 http://wsyang.com/wp/2008/07/22/r%ec%9d%98-%ec%84%a4%ec%a0%95%ed%8c%8c%ec%9d%bc%ea%b3%bc-%ec%8b%a4%ed%96%89%ed%95%a0-%eb%95%8c-%ec%82%ac%ec%9a%a9%ea%b0%80%eb%8a%a5%ed%95%9c-%ec%98%b5%ec%85%98/ http://wsyang.com/wp/2008/07/22/r%ec%9d%98-%ec%84%a4%ec%a0%95%ed%8c%8c%ec%9d%bc%ea%b3%bc-%ec%8b%a4%ed%96%89%ed%95%a0-%eb%95%8c-%ec%82%ac%ec%9a%a9%ea%b0%80%eb%8a%a5%ed%95%9c-%ec%98%b5%ec%85%98/#comments Tue, 22 Jul 2008 04:42:29 +0000 민석아빠 http://www.wsyang.com/blog/archives/372 R에서는 초기설정이나 작업 상태를 저장하기 위한 설정 파일을 제공하고 있습니다.

    • .Rprofile : R의 실행 시 읽어들이는 파일로, 이곳에 패키지를 정의해 두면, R을 실행할 때 지정한 패키지를 읽어들임.
    • .Rdata : R을 종료할 때 “Save workspace image? [y/n/c]“라는 메시지가 출력되는데 이때 “y”를 선택하면 .Rdata 파일에 작업 상태를 저장한다. 이후 R을 실행할 때 아무런 옵션도 지정하지 않는다면 자동으로 이 파일을 읽어들이며, 전회에 실행한 작업내용에 따라 파일을 크기가 커질 수 있으므로 R의 실행 시 시간이 오래 걸릴 수도 있음
    • .Rhistory : R의 콘솔에서 실행한 커맨드의 사용 이력이 저장되는 파일

    이 설정파일들은 R을 실행할 때 여러 가지 옵션을 이용해 사용 여부를 지정할 수 있습니다. 이 옵션들은 Unix계열의 OS를 이용할 때 보다 유용하게 쓸 수 있습니다.

    • –no-init-file : 설정파일(.Rprofile)을 읽어들이지 않음
    • –no-save : 종료 시 데이터를 .Rdata 파일에 저장하지 않음
    • –save : 종료 시 자동으로 .Rdata 파일에 데이터를 저장함
    • –restore : R을 실행할 때 바로 이전에 저장한 데이터(.Rdata)를 읽어들임
    • –no-restore-data : R의 실행 시 이전에 저장한 데이터를 읽어들이지 않음
    • –no-restore-history : R의 실행 시 커맨드의 사용 이력을 읽어들이지 않음
    • –no-restore : 실행 시 어떤 데이터도 읽어들이지 않음
    • –quiet or -q : 실행 시 표시되는 초기 메시지를 출력하지 않음
    ]]>     http://wsyang.com/wp/2008/07/22/r%ec%9d%98-%ec%84%a4%ec%a0%95%ed%8c%8c%ec%9d%bc%ea%b3%bc-%ec%8b%a4%ed%96%89%ed%95%a0-%eb%95%8c-%ec%82%ac%ec%9a%a9%ea%b0%80%eb%8a%a5%ed%95%9c-%ec%98%b5%ec%85%98/feed/ 2     R 은? http://wsyang.com/wp/2008/07/18/r-%ec%9d%80/ http://wsyang.com/wp/2008/07/18/r-%ec%9d%80/#comments Fri, 18 Jul 2008 08:00:38 +0000 민석아빠 http://www.wsyang.com/blog/archives/352 R은 AT&T 벨연구소의 Becker와 Chembers에 의해 발표된 S라 하는 통계분석, 확률 시뮬레이션, 그래픽을 위한 프로그래밍 언어를 그 기초로, Ross Ihaka와 Robert Gentleman에 의해 1992년부터 개발이 시작되었습니다. 현재는 세계 다수의 멤버로 구성된 개발팀에 의해 발전하고 있으며, S의 개발자이기도 한 Chembers도 R의 개발팀에 합류하였습니다.

    R은 오픈소스 소프트웨어이며, GPL 라이센스를 따르고 있습니다. R 프로젝트의 홈페이지는 http://www.r-project.org이며, CRAN (Comprehensive R Archive Network; http://cran.r-project.org) 에서 R의 소스코드 및 MS Windows, Linux, Mac OS X 용으로 컴파일된 바이너리 파일을 얻을 수 있습니다. 또한, 여러 통계분석에 특화된 패키지도 이곳에서 제공됩니다.

    R을 처음으로 공부하는 분들은 다음 자료를 참고하는 것도 좋습니다.

    ]]>     http://wsyang.com/wp/2008/07/18/r-%ec%9d%80/feed/ 0     [R] 결손치를 히스토그램에 나타내는 방법 http://wsyang.com/wp/2008/07/07/r-%ea%b2%b0%ec%86%90%ec%b9%98%eb%a5%bc-%ed%9e%88%ec%8a%a4%ed%86%a0%ea%b7%b8%eb%9e%a8%ec%97%90-%eb%82%98%ed%83%80%eb%82%b4%eb%8a%94-%eb%b0%a9%eb%b2%95/ http://wsyang.com/wp/2008/07/07/r-%ea%b2%b0%ec%86%90%ec%b9%98%eb%a5%bc-%ed%9e%88%ec%8a%a4%ed%86%a0%ea%b7%b8%eb%9e%a8%ec%97%90-%eb%82%98%ed%83%80%eb%82%b4%eb%8a%94-%eb%b0%a9%eb%b2%95/#comments Mon, 07 Jul 2008 03:04:39 +0000 민석아빠 http://woosung.digimoon.net/blog/?p=41 기본적인 R의 histgram에서는 결손치를 그래프에 표시하지 않습니다. 결손치의 수를 그래프에 나타내기 위해서는 약간의 과정이 필요합니다.

    > sample.data < - as.factor(sample(c(1,0,NA),100,replace=T))
    > sample.data < - as.character(sample.data)
    > sample.data[is.na(sample.data)] < - " NA"
    > sample.data < - factor(sample.data)
    > plot(sample.data)

    rplot3

    “ggplot2″ 패키지를 이용하면 좀더 멋진 그래프를 얻을 수 있습니다.

    > ibrary(ggplot2)
    > qplot(sample.data, geom="histogram")

    rplot21

     

    ]]>     http://wsyang.com/wp/2008/07/07/r-%ea%b2%b0%ec%86%90%ec%b9%98%eb%a5%bc-%ed%9e%88%ec%8a%a4%ed%86%a0%ea%b7%b8%eb%9e%a8%ec%97%90-%eb%82%98%ed%83%80%eb%82%b4%eb%8a%94-%eb%b0%a9%eb%b2%95/feed/ 0     iWPhone Plugin and Theme 추가 http://wsyang.com/wp/2008/06/30/iwphone-plugin-and-theme-%ec%b6%94%ea%b0%80/ http://wsyang.com/wp/2008/06/30/iwphone-plugin-and-theme-%ec%b6%94%ea%b0%80/#comments Mon, 30 Jun 2008 02:15:32 +0000 민석아빠 http://woosung.exofire.net/blog/archives/12 7월 11일 일본에서도 iPhone이 발매됩니다. iPhone이 처음 발매 되었을 때부터 일본에 출시되면 바로 바꾼다고 마음먹고 있었지만 정작 출시가 눈앞에 다가오니 조금 망설이게 되는군요. 언젠가는 iPhone을 사용하겠지만, 현시점에서는

    • 현재 사용하는 휴대전화의 약정이 내년 1월까지 묶여 있음.
    • 생각보다 요금플랜이 비싸게 책정됨
    • 내가 사용하는 환경이 iPhone보다는 iPod touch가 더 좋지 않을까 하는 생각을 하게 됨

    이 우유부단함이란 :(

    아무튼 iPhone 출시도 얼마 남지 않았고 해서, 블로그에 iWPhone이란 플러그인을 추가하였습니다. 이 플러그인은 테마를 포함하고 있어서 iPhone이나 iPod touch의 safari를 인식해 자동으로 이들 장치에 어울리는 테마로 보여줍니다.

    iWPhone 사이트에도 자세히 나와있지만, 플러그인을 설치하려면 몇 가지 주의 사항이 필요합니다.

    설치

    1. iWPhone WordPress Plugin 파일을 다운로드하고 압축을 푼다.
    2. 압축을 푼 폴더 안에 있는 “iwphone.php” 파일을 wp-content/plung-in 디렉터리로 복사
    3. “iwphone-by-contentrobot” 폴더를 wp-content/themes/ 디렉터리로 복사
    4. 워드프레스의 플러그인 관리화면에서 플러그인을 액티베이트 한다
    5. 단, “iwphone-by-contentrobot”을 현재의 테마로 설정하지 않는다.
    6. iPhone이나 iPod touch의 safari를 이용하여 확인한다.

    지금 iPhone도 iPod touch도 없어서 확인할 수는 없지만, Safari의 설정에서 “Advanced” – “Show Develop menu in menu bar”에 체크를 추가하고

    Picture 1-1.jpg

    Safari를 구동시킨후 메뉴에서 “Develop” – “Mobile Sarari 1.1.3 – iPhone”을 선택하면 대략적인 레이아웃은 확인 할 수 있습니다.

    Picture 3.png

    설정을 마친후 저의 블로그를 접속해 보면 다음과 같이 보여집니다. 깔끔한게 보기 좋군요.

    Picture 2.png

    어서 빨리 iPhone에서 저의 블로그를 볼 수 있는 날이 왔으면 좋겠습니다. :)

    ]]>     http://wsyang.com/wp/2008/06/30/iwphone-plugin-and-theme-%ec%b6%94%ea%b0%80/feed/ 0